A Unoesc dispõe, atualmente, de seis programas de pós-graduação stricto sensu, o mestrado profissional em Administração e os mestrados acadêmicos em Sanidade e Produção Animal Aplicadas a Pequenas Propriedades, Ciência e Biotecnologia, Biociências e Saúde, Educação e Direito.
Todos são recomendados pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes). Além dos mestrados, a Unoesc possui dois doutorados, em Administração e Educação.